白根三𠮷神社の起源は江戸時代後期の三代飢饉（享保の大飢饉、天明の大飢饉、天保の大飢饉）の影響により、白根地区の農村にも被害が及んだ折、その当時流行り神として知られた秋田県の太平山三𠮷神社の神様が先祖の夢枕に立たれ、御分霊をお祀りするように導かれたと伝えられております。人々の信仰と崇敬により守られてきた神社です。

東日本大震災からの復興を祈念し、平成２６年より平成の大造営を行い、平成２９年に遷座致しました。

白根三𠮷神社には太平山三𠮷神社同様、三柱の神様がお祀りされております。